Pagi sebelum melaksanakan agenda lainnya, seluruh siswa SMPIT Harapan Bunda Purwokerto melaksanakan kegiatan Qur’an terlebih dahulu. Para siswa ini akan berkelompok menyesuaikan dengan pengajarnya. Melingkar di dalam kelas, di sepanjang teras kelas. Bersama ustadz-ustadzahnya mereka bersama belajar Alquran.
Proses awal kegiatan dimaksudkan bahwa sebelum bergelut dengan ragam aktivitas lain, hal utama adalah membaca panduan terbaik yang telah diturunkan kepada Rasulullah, yakni Al-Quran. Proses ini mengantarkan pada tadabur, pemaknaan bahwa betapa sayangnya Allah kepada manusia, telah tersampaikan lewat ayat-ayatnya tentang petunjuk hidup.
Melalui proses ini pula, siswa akan terbiasa berinteraksi dengan Al-Quran dan menjadikannya bagian dari hidup mereka.